米克诺斯有两个港口，被称作新港和旧港。新港位于Tourlos Beach，离Mykonos镇中心是有一段距离。所有前往米克诺斯的船只都是停靠新港，而米克诺斯的热闹市区则是在下方的旧港
旧港位于镇中心,像Seajet这样相对体型小的船停靠在旧港。因此前往或离开米克诺斯，要看清楚出发或到达的港口是旧港还是新港。
在新港有巴士往返New port和Old port之间，票价是1.6欧元。车程大约10多分钟。（注意：大部分米克诺斯的旅馆都有免费接驳的服务，因此事先可以和旅馆联系好。)
搭乘海上巴士从新港前往旧港的话，只要在海上巴士站前先买个船票(2欧元/人)，搭上每半个小时出发的定时船，大概10分钟左右就可以抵达旧港，也是很方便的交通选择。
