首先了解在东日本网上订票系统，这个订票系统实际是预订指定席座位的系统，因为在许多日本的新干线，特急，特快列车上的座位都是对号入座，因此为避免无座位无法乘车，因此如果确定乘坐时间，建议使用这个系统预订指定席座位。通过本系统订票的具体教程请参看图解如何在JR东日本在线订票系统上订票
新干线
北海道新干线("隼(Hayabusa)"号和"疾风(Hayate)"号)
东北新干线("隼(Hayabusa)"号、"疾风(Hayate)"号、"山彦(Yamabiko)"号和"那须野(Nasuno)"号)
秋田新干线("小町(Komachi)"号)
山形新干线("翼(Tsubasa)"号和"Toreiyu Tsubasa"号)
上越新干线("MAX朱鹭(Toki)"号、"朱鹭(Toki)"号、"GENBI SHINKANSEN 朱鹭(Toki)"号、"MAX谷川(Tanigawa)"号和"谷川(Tanigawa)"号)
北陆新干线(光辉(Kagayaki)号、白鹰(Hakutaka)号、浅间(Asama)号)
JR东日本线
1、成田特快(东京都市圈和成田国际机场之间)
2、以下线路的特快列车
常磐线("常陆(HITACHI)"和"常盘(TOKIWA)":东京都市圈和水户/磐城地区之间)
中央线("Super 梓(Azusa)"号、"梓(Azusa)"号和"甲斐路(Kaiji)"号:东京都市圈和甲府/松本地区之间)
东海道/伊藤线和伊豆急行线("超景踊子(Super View Odoriko)"号和"Odoriko"号:东京都市圈和伊豆地区之间)
东武铁道线("日光"、"SPACIA日光(Nikko)号"、"鬼怒川(Kinugawa)"号和"SPACIA鬼怒川(Kinugawa)号":东京都市圈和日光/鬼怒川地区之间)
JR北海道线
以下线路的特快列车及快速列车
函馆本线("Super北斗(Super Hokuto)"号、"北斗(Hokuto)"号:札幌都市圈和函馆之间)
室兰本线("Suzuran"号:札幌和东室兰之间)
千岁/函馆本线("快速Airport(Rapid Airport)"号:小樽和新千岁机场之间)
石北本线("鄂霍次克(Okhotsk)"号:札幌都市圈和网走之间、"大雪(Taisetsu)"号:旭川和网走之间)
宗谷本线("Sarobetsu"号:旭川和稚內之间、"Kamui"号、"Lilac"号:札幌和旭川之间)
石胜/根室本线("Super十胜(Super Tokachi)"号:札幌都市圈和带广之间、"Super大空(Super Ozora)"号:札幌都市圈和钏路之间)。
不能预订使用东海道/山阳新干线或九州新干线*前往名古屋、京都、大阪、广岛及JR东日本和JR北海道地区以外城市的车票。如果您要乘坐的列车未在上面列出，请在抵达日本后前往离您最近的车站，在售票柜台购买车票。
*北陆新干线包含JR西日本区间全线（东京至金泽）均可预订。
不能预订前往以下地区或该地区出发的特快列车的车票：伊豆急行线（伊东和伊豆急下田之间）、东武铁道线（栃木和东武-日光/鬼怒川-温泉之间）和富士急行线（大月和河口湖之间）。
某些周游券不允许您预定新干线和特快列车的座席。
注意事项
1、无论是否使用JR周游券（通票），均可利用此系统预订指定席座位。也就是说不一定是只有通票使用者才能用这个系统。
2、购买JR周游券与预订新干线等特急列车指定席座位是两回事。也就是你买了通票，不意味你随到随走，有空座没问题，但热门线路还是要预定座位，许多线路也是强制要求不需预定座位。同时反过来即使还没购买JR周游券也可以先预订指定席座位，并不矛盾。因为我可能到时不买通票，就买具体的班次的车票
3、若要使用周游券，请先了解清楚日本铁路通票(JR RAIL PASS)、JR东日本铁路周游券（东北地区）、JR东日本铁路周游券（长野、新潟地区）、JR东京广域周游券、北陆拱型铁路周游券、JR东日本・南北海道铁路周游券或北海道铁路周游券等票券之使用范围及使用限制（例如列车种类、车厢种类等），避免被另外收取费用。
4、网络所预订指定席座位车票一定要在乘车前一日日本时间21:00前取票，否则座位会被取消且收取每个座位310円的手续费。换言之，到日本当天就要搭乘新干线或成田特快等特急列车指定席的话，无法透过此系统(JR东日本网络订位系统)预订指定席座位。（注意外国人不能通过日文版本的订票系统成为会员来预订票，因为那个系统是针对日本本国居民，在一些条款上与外国人不一样，如不受乘车日前一天取票之限制，且可预订之车种较中、英文等外国人专用预约网站多，还可以选位子）
☆虽然网络盛传的从JR东日本日文网页えきねっと预订指定席座位，在取票(指定席座位车票)上目前好像没有问题，但是个人觉得还是应该遵守规范。
5、系统订位时间以日本标准时间为准，可在乘车日前一个月的10:00到前3日的23:40订位。系统接受订位时段为每日0:20至1:40与5:30至23:40（日本时间)，但偶尔会因为系统维护造成无法预订，请注意系统维护时间之公告。所谓一个月是对应前一个月相同日期，例如4月13日可以预订4月16日～5月13日的指定席座位。如果前一个月不存在相同日期，例如3月29、30和31日出发的列车，3月1日开始预订(因为无2月30日、2月31日；但若有当年有2月29日，则2月29日可以订3月29日出发的列车)；5月31日出发的列车，5月1日开始预订；7月31日出发的列车，7月1日开始预订；10月31日出发的列车，10月1日开始预订；12月31日出发的列车，12月1日开始预订。
6、网络订位系统注册需要信用卡卡号，订位时用该张信用卡，到日本后取票(指定席座位车票)时要出示该张信用卡，若使用日本铁路通票(JR RAIL PASS)、JR东日本铁路周游券（东北地区）、JR东日本铁路周游券（长野、新潟地区）、JR东京广域周游券、北陆拱型铁路周游券、JR东日本・南北海道铁路周游券或北海道铁路周游券，只要在票券使用范围内，不必再付费，信用卡是做为身分确认及提供担保用。
7、订位时须指定取票（指定席座位车票）地点及日期；不使用周游券的乘客，除了在车站的绿色窗口(Midori-no-madoguchi)取票外，也可以在JR东日本车站的指定座席车票机器取得预订的车票；若要使用周游券，请在周游券使用区间之车站绿色窗口(Midori-no-madoguchi)取票。详细取票地点请参见网站所列，也请注意各取票地点的营业时间。我个人觉得机场处理此类票券经验丰富，最好是在机场JR东日本旅客服务中心取票，但必须考虑另一个问题：在机场办理的人可能比较多，要预留等待时间。
＊订位时，要求指定取票地点和取票日期，是为了协助工作人员为国外旅客做好准备并尽可能提供最快的服务。但实际取票时，仍可选择和订位过程中所指定的不同车站售票窗口和日期前往取票；变更取票地点或日期不需要透过网站联络通知＊
※使用铁路周游券预约指定座席车票时，必须于周游券的有效区域内领取。于周游券有效区域外领取时，与未使用周游券的情况相同，必须支付指定座席的费用
8、若要取消订位，请在所订车次乘车日前2天23:40(日本时间)前完成取消手续，否则会被收取每个座位310円的手续费。
9、如果要变更订位，请在新订位乘车日前3日的23:40（日本时间）前完成新的订位。如果新的订位成功，请在旧订位乘车日前2日的23:40（日本时间）前取消旧的订位。（若未在时限内取消旧的订位，将被收取每个座位310円的手续费。）
10、取票时只要给信用卡及预约订位号码就好，不必给列车信息(日期、班次等)，避免工作人员只看到列车信息(日期、班次等)，没注意到已经订位，而当场划位，但因为未取票(订位系统已预约好的指定席座位)，事后被收取未取消之手续费。
11、取票（指定席座位车票）后，请仔细核对日期、车次及数量（一般而言，票务人员也会做这个确认动作才对），最重要的是请检查车票是否出现金额。若使用周游券，正常情况是不会出现金额，而应该是「￥＊＊＊」（网络预订时会出现指定席票价，但因为使用日本铁路通票(JR RAIL PASS)、JR东日本铁路周游券（东北地区）、JR东日本铁路周游券（长野、新潟地区）、JR东京广域周游券、北陆拱型铁路周游券、JR东日本・南北海道铁路周游券或北海道铁路周游券等票券不用另外付费），如果出现金额要马上跟票务人员说，避免被用注册时的信用卡收取费用。
12、取票(指定席座位车票)后，列车出发前可免费换票（换成不同列车的指定席座位）1次，请在最近的车站售票窗口办理换票。第2次换票时就要办理退票手续，先交出要退的指定席座位车票（将收取费用，详如十六），然后再划新的指定席座位。
13、无法透过该网站(JR东日本网络订票系统)退回已取得的指定席座位车票，如果想要退回已取得的指定席座位车票，请携带取得的指定席座位车票和注册时的信用卡到最近的JR售票处（绿色窗口）进行退票手续。
* 乘车日前2日退票，每个指定席座位的退票手续费为330円，乘车日前1日到列车出发前退票，每个指定席座位的退票手续费为特急列车指定席费用之30%（但不少于330円），此费用将从注册的信用卡中收取。
*已取票之特急列车出发后，就无法换票（换成不同列车的指定席）和退票，但可搭乘其他列车的普通车厢自由席(持周游券本来就可以直接搭乘自由席)。
